Jean Charles Musquinet nait le 21 mai 1749 à Pontoise de Nicolas Marin Musquinet, marchand de laine, et de Jeanne Levasseur. Il est le frère de Marie Louise Musquinet, mère d’Aimée Leclerc, l’épouse de Davout. Il sera donc notamment l’oncle d’Aimée, de Victoire Emmanuel Leclerc, de Louise Charlotte (qui épousera le général Friant) et de Leclerc des Essarts. Pour le différencier d’un frère homonyme, Jean Charles Musquinet joint de Beaupré à son nom.
Il entre dans la gendarmerie en 1770 mais, réformé quatre ans plus tard, il passe au régiment de Normandie-cavalerie. Il y sert dans la compagnie de Fiesque jusqu’au 20 février 1779. En 1792, il rejoint le 3e bataillon des Volontaires de Seine-et-Oise. Nommé capitaine, il sert ensuite dans différents régiments avant de rejoindre l’Armée du Rhin en 1800. Nommé chef d’escadrons du 23e chasseurs à cheval sous Moreau, il devient, le 7 octobre 1801, aide de camp de son neveu Victoire Emmanuel Leclerc. Il est donc de l’expédition qui s’embarque pour Saint-Domingue. Blessé le 11 mars 1802 lors de l’attaque du fort de la Crète-à-Pierrot, il est nommé adjudant-commandant par son neveu, peu avant la mort de ce dernier.
Rapatrié en France, Musquinet de Beaupré est affecté au camp de Bruges, où il ne tarde pas à rejoindre un autre de ses parents, le maréchal Davout, au sein du 3ème corps de la Grande armée, le 25 septembre 1805. Nommé général de brigade le 4 mars 1807, il sert à l’état-major du maréchal.
Le 12 octobre 1808, il reçoit le commandement d’une brigade de cavalerie légère (2e et 12e chasseurs à cheval). Il est fait baron de l’Empire le 28 janvier 1809.
Affecté à la division de cavalerie Montbrun en juin 1809, il sert à Wagram et y est blessé. Après divers postes à Glogau (1810) ou Hambourg (1811), il est autorisé à prendre un congé de quatre mois en France.
Rappelé au corps d’observation de l’Elbe sous Davout, il participe, avec le 1er corps du maréchal, à la campagne de Russie.
La terrible retraite porte un rude coup à Musquinet de Beaupré, tout de même âgé de 64 ans. Le 17 décembre 1812, Davout écrit à sa femme : « Je suis inquiet sur Beaupré ; il y a deux ou trois jours qu’il nous manque, et il était très souffrant. Cependant, je ne suis pas sans espérance, lui ayant dit de faire ce qui dépendrait de lui pour prendre les devants ; prépare ta bonne mère à cette mauvaise nouvelle ». Davout, retrouve Beaupré le 4 février 1813 à Custrin et écrit à la maréchale : « J’ai vu Beaupré hier ; il va perdre tous les doigts de la main et du pied droit. Je l’ai trouvé, en outre, bien faible de tête. J’ai fait acheté pour lui une calèche, et, aussitôt qu’il pourra supporter le voyage, il se mettra en route pour Mayence ».
Le général baron Musquinet de Beaupré n’ira pas à Mayence, il meurt d’épuisement à Berlin le 26 février 1813.