Né à Besançon le 3 février 1772 d’une famille honorable de la bourgeoisie, qui occupait une belle position dans la magistrature, et fils d’un avocat au barreau du parlement de Besançon, Pierre Claude Pajot, qui transformera son nom en Pajol, étudiait le droit à l’université de cette ville lorsque différents duels qu’il eut avec des officiers de la garnison, et dont il se tira avec honneur, l’obligèrent à s’éloigner. Il quitta Besançon pour faire son droit à Paris. Arrivé à la capitale le 15 avril 1789, il suivit le torrent des idées nouvelles, et s’occupa beaucoup moins de ses études que des événements qui se préparaient alors.
Nommé commandant d’une des sections de la compagnie formée dans le quartier Saint-Victor qu’il habitait, il se rendit avec elle sur la place Louis XV, où elle se joignit à beaucoup d’autres corps du même genre, dont l’organisation avait été improvisée, et aussi aux gardes-françaises qui venaient de se déclarer pour le peuple, en tirant sur la cavalerie du prince de Lambesc et en la chassant de la place.
Le lendemain on continua de sonner le tocsin et de s’armer. M. Pajol fit partie des volontaires qui se formaient au Palais-Royal : et comme il était d’une haute stature et montrait beaucoup d’activité, on le nomma sergent d’une de ces compagnies qui se réunirent à celles de la Basoche et des Tailleurs et à une masse considérable de peuple et d’ouvriers. Toutes ces colonnes d’insurgés se rendirent, avec M. Pajol, à l’Hôtel des Invalides. On fouilla les caves et l’on y trouva 30 000 fusils, avec lesquels le peuple et la garde nationale s’armèrent. On prit aussi les canons qui étaient sur l’esplanade, et, les plaçant en tête, on marcha le long des quais jusqu’à l’Hôtel-de-Ville.
Après les journées des 5 et 6 octobre 1789, il était devenu impossible pour Pajol de continuer son droit. Il retourna donc dans sa famille en cette fin d’octobre 1789 et s’enrôla au 1er bataillon de Volontaires du Doubs en 1791. Sergent-major, il est nommé sous-lieutenant puis lieutenant au 82ème de ligne dès les premiers mois de 1792. Le 30 septembre 1793, il subit sa première blessure (des coups de baïonnette) en entrant dans Spire à la tête de ses grenadiers. Nouvelle blessure (bras cassé) à Mayence le 10 avril 1793.
Après une période convalescence, il est nommé capitaine le 12 mai 1794 et aide de camp du général Kléber. Il servira Kléber jusqu’à fin 1796, rejoignant le 4ème Hussards le 12 février 1797. C’est avec ce régiment qu’il participe au combat de Neusield (18 avril), à Pfullendorf (21 mars 1799) et Stockach (25 mars 1799). Le 21 juillet 1799, Pajol est nommé chef de brigade du 6ème régiment de hussards et rejoint l’Armée d’Italie. Au début de l’année 1800, il est affecté à l’Armée du Rhin, à la division Leclerc d’abord, à la division Gudin ensuite, à la division Ney enfin.
Après être passé au camp d’Utrecht (1803-1804), il sert sous La Coste au 2ème Corps de la Grande Armée et participe aux affrontements de Ulm et Leoben. Après un court passage en Italie, il est nommé général de Brigade le 1er mars 1807 et rejoint le quartier-général de l’Empereur à Osterode (12 mai 1807). Il reçoit le commandement de la 1ère brigade de la division Lasalle. Pajol se distingue à Guttstadt (9 juin 1807), à Heilsberg (10 juin), à Koenigsberg (14 juin) et à Tilsitt (19 juin). Sa bravoure lui vaut le titre de baron de l’Empire (19 mars 1808).
Le 10 mars 1809, il passe à la division Montbrun et participe aux combats et batailles de Dinzling (19 avril 1809), Schierling (21 avril), Eckmühl (22 avril), Ratisbonne (23 avril) et poursuit l’ennemi jusqu’aux frontières de la Bohème. Il se distingue encore à Wagram (6 juillet), toujours dans la division Montbrun.
Après une petite année de congés qu’il passe en France, Pajol reçoit le commandement d’une brigade de cavalerie légère dans le 1er corps du maréchal Davout (juin 1810). C’est à l’avant-garde du corps de Davout qu’il franchit le Niemen le 24 juin 1812. Il prend Kovno et Vilna et défait le russe Bagration à Ochmiana le 30 juin. Le 7 août, Pajol est fait général de division et passe dans le corps de cavalerie du général Sébastiani. C’est avec ces troupes qu’il se bat à la Moskowa. S’il sort indemne de cette furieuse bataille, il est en revanche gravement blessé deux jours plus tard (9 septembre 1812) à Mojaïsk.
Maintenu en convalescence, il rejoint ensuite le 14ème corps de Gouvion St-Cyr en Allemagne pour participer à la bataille de Dresdes (26 août 1813). Le 16 octobre, Pajol est à nouveau blessé gravement à Wachau par la chute de son cheval tué par un obus. Le 25 novembre, l’Empereur le fait comte de l’Empire.
Ayant reçu, au début de la Campagne de France, le commandement d’un corps de garde nationale sur l’Yonne, le comte Pajol va s’illustrer le 18 février en menant une charge héroïque qui permet de reprendre la ville de Montereau aux Autrichiens. De nouveau blessé à cette occasion, il se rend en convalescence à Paris.
Chevalier de St-Louis le 1er juin 1814, il se rallie à Napoléon et fait arborer la cocarde tricolore le 20 mars à Orléans. Fait pair de France le 2 juin 1815, il est affecté au corps du général Grouchy à l’Armée de Belgique. Il est fait Grand Aigle de la Légion d’honneur, avant de servir à Ligny (16 juin) et à Wavre (18 juin).
Mis en non-activité le 22 octobre 1815, il est autorisé à résider à Paris et admis à la retraite à compter du 1er mars 1816.
Il se lance dans les affaires et marque une grande hostilité aux Bourbons. Il prend part à la révolution de juillet 1830 en marchant vers Rambouillet avec des insurgés parisiens contre Charles X. Grand-Croix de la Légion d’honneur le 19 août 1830, Pajol devient gouverneur de Paris le 3 septembre puis pair de France le 19 novembre 1831.
Mis en disponibilité le 19 octobre 1842, il s’éteint à Paris le 20 mars 1844 à l’âge de 72 ans, à la suite, dit-on, d’une chute dans un escalier des Tuileries.
Il avait épousé, le 31 mars 1808 à la mairie de Pont-Saint-Maur (Seine), Marie-Louise, âgée de 17 ans, fille du futur maréchal Oudinot (1767-1847), duc de Reggio. Ils sont enterrés ensemble au cimetière de Nozeroy (Jura).