Jean-François nait le 6 mai 1739 de Jean-Nicolas d’Avout, écuyer et lieutenant de cavalerie, et de Catherine de Somme. Alors qu’il n’a que 2 ans, son père meurt des suites de ses blessures lors de la retraite de Bohême en 1741.
Lieutenant au Royal Champagne cavalerie, l’écuyer Jean-François d’Avout participe à la Guerre de Sept ans avec son frère aîné, Jacques-Edme. Il est d’ailleurs blessé d’un coup de feu à la bataille de Minden. Le 24 septembre 1769, il épouse Françoise Adélaïde Minard de Velars dont il aura quatre enfants : Louis Nicolas (1770), Julie Catherine (1771), Alexandre Louis (1773) et Charles Claude (1776).
Lors d’une chasse au sanglier à Etivey, le 26 décembre 1778, Jean François d’Avout est blessé par accident. Transporté à l’hôpital d’Avallon, il y meurt le 3 mars 1779.
Sa veuve se remaria, le 31 août 1789, avec Louis Turreau de Lignières, avocat puis député à la Convention, dont les idéées révolutionnaires influencèrent beaucoup le jeune Louis Nicolas. Ce second mariage fut toutefois de courte durée.
